Kernen i vandrammedirektivet er, at man skal opnå ’god økologisk tilstand’. Det betyder, at tilførslerne af næringsstoffer skal tilpasses de marine områder, man udleder til. Det er altså ikke landbrugserhvervet, som skal have ens vilkår, men naturen. Det giver Danmark nogle særlige udfordringer pga. fire forhold:
1) Danmark er meget intensivt dyrket. Omkring 2/3 af arealet er landbrugsjord (gennemsnittet for EU er ca. 25 procent). I tillæg er store dele af arealet i omdrift og drænet; begge forhold øger udvaskningen.
2) Havet omkring Danmark er meget sårbart. Mange fjorde har en langsom vandudskiftning, og vandsøjlen er ofte lagdelt. Det sidste øger forekomsten af iltsvind.
3) Afstand fra mark til fjord er kort, højst 50 km. Dvs. at en naturlig fjernelse af kvælstof ved fx denitrifikation er begrænset.
4) Endelig er nedbørsoverskuddet højere end i Centraleuropa, hvilket øger udvaskningen af nitrat.
Når dansk landbrug oplever en regulering, som er strammere end andre lande, er det ikke pga. en overambitiøs dansk miljøpolitik, men en logisk følge af essensen i vandrammedirektivet og den meget intensive dyrkning af landskabet. Sagt på en anden måde: Dansk landbrugs komparative konkurrencefordel er blevet mindre, efter at kunstgødning og importeret foder har frigjort landbruget fra jordens naturlige næringsindhold som et rammevilkår.